본 발명은 세리신 단백질 분리 방법 및 이에 의해 분리된 세리신 단백질의 용도에 관한 것으로, 본 발명의 방법인 특정 온도 조건하에서 초음파 처리에 의한 추출 및 분자량에 따른 분리 방법의 병용 처리를 통해, 실크로부터 분리된 세리신-1/-3 단백질 분획인 분자량 30kDa 이상 크기의 세리신 단백질은, 천연 물질로부터 유래된 단백질이므로 안전하고 변성이 적으며 생체적합할 뿐만 아니라 골 재생 효과가 탁월하다. 따라서, 본 발명의 방법에 따른 실크로부터 분리된 세리신-1/-3 단백질 분획인 분자량 30kDa 이상 크기의 세리신 단백질은 종래 골질환/손상 치료 관련 제제를 대체할 수 있는 훌륭한 대안이 될 수 있을 뿐만 아니라, 실크 단백질의 부산물로 폐기되고 있는 세리신을 재활용함으로써 경제적 성장 및 사회적 이익에도 기여할 수 있다.