본 발명은 환자 맞춤형 치료제의 스크리닝 방법에 관한 것이다. 본 발명의 환자 맞춤형 치료제의 스크리닝 방법을 이용 시, 질병 아형별 또는 질병 작용 인자에 대한 각기 다른 유래의 중간엽 줄기 세포의 치료능을 확인하고 이를 선별할 수 있다. 또한, 선별된 중간엽 줄기 세포가 분비하는 단백질을 분석하여 고효율 또는 저효율적으로 작용하는 분비 단백질의 특성을 확인할 수 있어, 환자 개개인의 질병 특이성에 대한 맞춤형 치료제를 제안할 수 있는 장점이 있다.