본 발명은 서열번호 1 및 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 프라이머 세트를 포함하는 두족류 분석 또는 분석을 위한 유전자 라이브러리 제작용 조성물, 상기 두족류 분석용 조성물을 포함하는 두족류 분석용 키트, 서열번호 1 및 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 프라이머 세트를 이용한 두족류 분석 방법 및 두족류 분석용 유전자 라이브러리 제작 방법에 관한 것이다. 기존의 형태학적 분석과는 달리 본 발명의 CPD 범용 프라이머 세트를 이용하면 두족류 플랑크톤을 따로 분리하지 않더라도 혼재된 샘플에서 높은 특이성으로 두족류를 분류할 수 있다. 또한 본 발명의 CPD 범용 프라이머 세트를 이용할 경우, 기존의 시퀀싱 시스템에 비하여 두족류에 대한 정성적・정량적 분석을 경제적이고 신속하게 대량으로 분석할 수 있는 효과가 있다. 따라서, 본 발명의 프라이머 세트는 두족류, 두족류의 산란장 및 성육장 조사 및 해양 생태계 조사, 먹이 생물 분석, 생태계 교란 및 외래 유입종에 대한 분석 등과 가공식품의 원재료 분석에도 사용이 가능하며 대규모 수산생물의 유통의 원산지 및 동정에도 이용이 가능하다. 또한 기존의 두족류 분석용 유전자 라이브러리를 이용할 수 있을 뿐 아니라, 새로운 두족류 분석용 유전자 라이브러리를 구축함으로 좀 더 정확한 두족류의 종 동정에 이용할 수 있다.