본 발명은 헥사노익산을 생산하는 재조합 미생물 및 이를 이용한 헥사노익산의 생산방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로 atoB 발현량 조절을 통해 헥사노익산의 생산성을 향상시킨 헥사노익산 생산용 재조합 미생물 및 이를 이용한 헥사노익산의 생산방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 헥사노익산 생산용 재조합 미생물은 5' UTR 재설계를 통해 동종 유래 유전자인 atoB 유전자의 발현량을 정교하게 조절한 것으로, 그에 따라 헥사노익산 대사경로에서 전구체를 최적으로 재분배하고 헥사노익산 생산량을 현저하게 증가시킬 수 있는바, 헥사노익산이 활용되는 다양한 산업분야에서 광범위하게 적용할 수 있다.