본 발명은 돼지유행성설사병 바이러스에 내성을 가지는 형질전환 복제돼지 및 이의 제조방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 sgRNA(small guide RNA) 및 Cas9 유전자를 포함하는 재조합 벡터를 이용한 돼지유행성설사병 바이러스에 내성을 가지는 형질전환 복제돼지 및 이의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 APN 유전자의 녹아웃을 위한 특이적 sgRNA 및 CRISPR/Cas9법을 이용한 재조합 벡터는 형질전환된 동물에서 APN 유전자를 암호화하는 DNA 가닥을 녹아웃시켜 돼지유행성설사병 바이러스에 대한 내성을 효과적으로 유도할 수 있다. 따라서 본 발명에 따른 APN 유전자 녹아웃 돼지는 돼지 전염성 바이러스 치료제 개발 및 연구 분야에 유용하게 이용될 수 있으며, 돼지 전염성 바이러스로 인한 농가의 경제적 손실을 크게 감소시킬 수 있다.