본 발명은 국내산 완도호랑가시나무의 모계 식별용 프라이머 세트 및 이의 용도에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, PCR 산물의 길이 차이만으로, 유전적으로 많은 동일성을 지닌 감탕나무속 식물들로부터 완도호랑가시나무의 모계나무를 용이하게 구분할 수 있다. 또한, 기존의 방법들보다 정확하게 모계나무를 식별할 수 있어 품종 보호, 및 종자 분쟁의 해결 등에도 이용될 수 있다.