본 발명은 구제역 바이러스 입자 판별 방법에 관한 것이다. 본 발명의 구제역 바이러스 입자 판별 방법은 종래의 완전 입자(146S)만을 판별할 수 있는 수크로즈 밀도구배 방식과 비교하여, 완전 입자(146S) 및 분해 입자(12S)를 모두 판별할 수 있고, 상대적 분포를 비교할 수 있어, 구제역 백신 생산 공정 단계에서 완전 입자(146S) 및 분해 입자(12S)를 정확하게 판별할 수 있어, 관련 산업에 유용하게 이용할 수 있다.